Các bài báo đăng trên tạp chí trong nước
1) Trần Khánh Ngọc, Xây dựng bộ tư liệu hỗ trợ dạy học Sinh học 10 THPT, Tạp chí Giáo dục, số 163 (2007).
2) Trần Khánh Ngọc, Nâng cao chất lượng học tập cho học sinh trong dạy học các kiến thức về cơ chế di truyền và biến dị (Sinh học 12), Tạp chí Giáo dục, số 203, kì 1 tháng 12 (2008).
3) Trần Khánh Ngọc, Xây dựng hệ thống tư liệu hỗ trợ góp phần nâng cao chất lượng dạy học Sinh học THPT, Bản tin Dạy và Học trong nhà trường số 3, Tạp chí Khoa học ĐHSP (2009).
4) Trần Khánh Ngọc, Tiếp cận lí thuyết hoạt động - Định hướng cho việc học và dạy cách học ở trường phổ thông, Bản tin Dạy và Học trong nhà trường, Tạp chí Khoa học ĐHSP, số 2 (2010), 32 - 34.
5) Trần Khánh Ngọc, Nguyễn Thị Hiền và Nguyễn Thị Ánh Diệp, Nghiên cứu cải tiến các thí nghiệm trong chương trình sinh học 10 THPT, Tạp chí Thiết bị giáo dục, số 63 (2010), 3 - 4.
6) Tran Khanh Ngoc, Stage model of information processing and application in teaching and learning, J. Sci. HNUE, Vol. 1 (2011) EN.
7) Dương Tiến Sỹ, Quán triệt tư tưởng cấu trúc - hệ thống và tư tưởng tiến hoá sinh giới trong dạy học Sinh học ở trường phổ thông, Tạp chí Giáo dục, số 142, kì 2 tháng 7 (2006), 37 - 39.
8) Dương Tiến Sỹ, Bước đầu xác định phương pháp giáo dục môi trường qua dạy - học Sinh học lớp 6 ở trường THCS, Tạp chí Giáo dục, số 160 kì 1 tháng 4 (2007), 37 - 38.
9) Dương Tiến Sỹ, Phương pháp tích hợp Giáo dục môi trường qua dạy - học Sinh học 6 ở trường THCS, Tạp chí Giáo dục, số 170 kì 2 tháng 8 (2007), 40 - 43.
10) Dương Tiến Sỹ, Sử dụng thí nghiệm ảo để tích hợp Giáo dục môi trường trong dạy - học bài Quang hợp Sinh học 6 ở trường THCS, Tạp chí Giáo dục, số 172 kì 2 tháng 9 (2007), 32 - 34.
11) Dương Tiến Sỹ, Sử dụng Internet khai thác thông tin, tư liệu dạy học Sinh học, Tạp chí Giáo dục, số 191 kì 1 tháng 6 (2008), 51 - 53.
12) Dương Tiến Sỹ, Một số vấn đề lí luận về tiếp cận dạy học theo hướng tích hợp truyền thông đa phương tiện, Tạp chí Giáo dục, số 216 kì 2 tháng 6 (2009), 19, 52, 53.
13) Dương Tiến Sỹ, Phương hướng nâng cao hiệu quả ứng dụng Công nghệ thông tin vào dạy học, Tạp chí Giáo dục, số 235 kì 1 tháng 4 (2010), 27 - 28.
14) Dương Tiến Sỹ, Phân loại phần mềm dạy học, Tạp chí Giáo dục, số 242 kì 2 tháng 7 (2010), 19, 25.
15) Dương Tiến Sỹ, Thế nào là phần mềm dạy học, Tạp chí Giáo dục, số 256 kì 2 tháng 2 (2011), 60 - 62.
16) Lê Đình Trung, Xây dựng tư liệu Sinh học 9 về cơ sở di truyền ứng dụng để góp phần nâng cao dạy học Sinh học, Tạp chí Khoa học ĐHSP, số 3 (2006), 125 - 129.
17) Lê Đình Trung, Những biện pháp đột phá trong đào tạo góp phần nâng cao chất lượng cử nhân hệ từ xa đáp ứng nhu cầu xã hội, Bản tin Giáo dục, từ xa và tại chức số 20 (2009), 8 - 11.
18) Lê Đình Trung, Thực trạng và những định hướng đưa nội dung an toàn vệ sinh lao động vào giảng dạy ở các Trường ĐHSP, Bản tin Giáo dục từ xa và tại chức số 23 (2009), 36 - 39.
19) Lê Đình Trung, Nghiên cứu xây dựng chương trình Giáo dục, an toàn vệ sinh lao động cho các trường Sư phạm Việt Nam, Tạp chí Giáo dục (2009).
20) Lê Đình Trung và Nguyễn Thị Thu Huyền, Quy trình xây dựng và sử dụng câu hỏi MCQ trong dạy học kiến thức môn Sinh học, Tạp chí Giáo dục, số 244 (2010), 44 - 45.
21) Lê Đình Trung và Nguyễn Thị Thu Huyền, Xây dựng và sử dụng câu hỏi trắc nghiệm khách quan nhiều chọn lọc trong dạy học, Tạp chí Quản lí Giáo dục, số 17 (2010), 53 - 56.
22) Lê Đình Trung và Nguyễn Thị Thu Huyền, Nguyên tắc xây dựng câu hỏi MCQ trong dạy học Sinh học 10, Tạp chí Khoa học Giáo dục, 62, kì 2 (2010), 26 - 27.
23) Nguyễn Thị Thu Huyền, Lê Đình Trung và Nguyễn Đức Thành, Kiểm tra kiến thức học sinh bằng câu hỏi tự luận ngắn để lựa chọn phương án nhiễu cho câu hỏi trắc nghiệm khách quan nhiều lựa chọn trong dạy học Sinh học 10, Tạp chí Giáo dục (2011).
Các bài báo đăng trên tạp chí quốc tế
1) M. Hamman, Phan Thị Thanh Hội, M. Ehmer and H. Bayrhuber, Fehlerfrei Experimentieren, Tạp chí MNU CHLB Đức, số 59/5 (2006), 292 - 299.
2) Marcus Hammann, Thi Thanh Hoi Phan and Horst Bayrhuber, Experimentieren als Problemlosen: Lässt sich das SDDS - Modell nutzen, um unterschiedliche Dimensionen beim Experimentieren zu messen, Zeitschrift fur Erziehungswissenschaften CHLB Đức (2007).
3) Marcus Hammann, Thi Thanh Hoi Phan, Maike Ehmer and Tobias Grimm, Assessing pupils’ skills in experimentation, Journal of Biological Education, London, UK(2008), 42.
4) Thi Thanh Hoi Phan, Marcus Hamman and Horst Bayrhuber, Testing level of competencies in biological experimentation, A selection of papers presented at the 6th Conference of European Researchers in Didactics of Biology (ERIDOB), London, UK, University of London (2006).
Các bài báo đăng tại hội nghị trong nước
1) Phan Thị Thanh Hội, Giảng dạy Sinh thái học ở THPT bằng phương pháp sơ đồ hoá, Kỉ yếu hội thảo dạy học Sinh học ở trường phổ thông, Đại học Vinh.
2) Trần Khánh Ngọc, Vận dụng mô hình các giai đoạn của quá trình xử lí thông tin để xây dựng quy trình học chủ động cho học sinh, Hội thảo khoa học cán bộ trẻ các trường ĐHSP toàn quốc lần thứ nhất (2011).