Các bài báo đăng trên tạp chí trong nước

 1)        Ho Cam Ha and Pham Xuan Hung, Applying Data Ware House in education management and decision support making process, J. Sci. HNUE, No 1 (2008), 62 - 66.

2)        Vũ Đức Quảng, Đoàn Văn Ban và Hồ Cẩm Hà, Phương pháp phát hiện các lớp bộ phận trong Cơ sở dữ liệu hướng đối tượng - mờ, Tạp chí Tin học và Điều khiển học (2010).

3)        Nguyễn Quỳnh Diệp, Phạm Thọ Hoàn, Hồ Tú Bảo, Trần Đăng Hưng và Phạm Quốc Thắng, Phương pháp tái hiện mạng các chất chuyển hoá từ dữ liệu sinh học hệ thống, Tạp chí Tin học và Điều khiển học, Vol. 1 (2011).

Các bài báo đăng trên tạp chí quốc tế

 1)        Pham Thi Anh Le, N. Le-Thanh and P. Sander, Decomposition - based reasoning for large knowledge bases in description logics, Integrated Computer - Aided Engineering, 15 (2008), 53 - 70.

2)        Tran Dang Hung, Pham Tho Hoan, Kenji Satou and Ho Tu Bao, Prediction of human microRNA hairpins using only positive sample learning, J. Biomedical Science and Engineering, No1 (2008), 141 - 146.

3)        Pham Tho Hoan and Ho Tu Bao, A hyper-heuristic for Descriptive Rule Induction International Journal of Data Warehousing và Mining, Vol. 3 (1) 2007, 54 - 66.

4)        Tran Dang Hung, Kenji Satou and Ho Tu Bao, Finding MicroRNA Regulatory Modules in Human Genome Using Rule Induction, BMC Bioinformatics, 9 (Suppl 12) S5 (2008).

5)        Le Ngoc Tu, Ho Tu Bao and Tran Đang Hung, Characterizing nucleosome dynamics from genomic and epigenetic information using rule induction learning, BMC Genomics, S27, (Suppl.3) (2009), 10.

6)    Tran Dang Hung, Kenji Satou, Ho Tu Bao and Pham Tho Hoan, Computational Discovery of miR-TF Regulatory Modules in Human Genome, Bioinformation, 4(8) (2009), 371 - 377.

7)      Tran Dang Hung, Ho Tu Bao, Pham Tho Hoan and Kenji Satou, microRNA Expression profiles for classification and analysis of tumor samples, IEICE Trans. Information Systems, Vol. E94-D, No. 3 (2011), 416 - 422.

Các bài báo đăng tại các hội thảo, hội nghị trong nước

 1)        Nguyễn Kim Anh và Nguyễn Thị Kim Ngân, Phân loại văn bản bằng Support Vector Machines, ICT conference, Vietnam (2006).

2)        Hồ Cẩm Hà và Lương Thị Ngọc Khánh, Cơ sở dữ liệu quan hệ trên các miền có thứ tự và ứng dụng cho thông tin mờ, Kỉ yếu kỉ niệm 30 năm ngày thành lập Viện CNTT, Viện khoa học và Công nghệ Việt Nam.

Các bài báo đăng tại các hội thảo, hội nghị quốc tế

 1)        Tran Dang Hung, Pham Tho Hoan, Kenji Satou and Ho Tu Bao, Conditional random fields for predicting and analyzing histone occupancy, acetylation and methylation areas in DNA sequences, 4^th European Workshop on Evolutionary Computation and Machine Learning in Bioinformatics, Budapest (2006), 221 - 230.

2)        Pham Thi Anh La and Nhan Le-Thanh, Decomposition based reasoning for large knowledge bases in Description Logics, Proceedings of the 13^th ISPE International Conference on Concurrent Engineering: Research and Applications France (2006), 288 - 295.

3)        Pham Thi Anh Le, N. Le-Thanh and P. Sander, Some approaches of ontology decomposition in description logics, The 14^th ISPE International Conference on Concurrent Engineering: Research and Applications (2007), 523 - 531.

4)        T. D. T. Nguyen, N. Le-Thanh and Pham Thi Anh Le, Modeling ORM Schemas in Description Logics, The 14^th ISPE International Conference on Concurrent (2007), 533 - 541.

5)        Pham Tho Hoan, Ho Tu Bao, Tran Dang Hung and Kenji Satou, Prediction of histone modifications in DNA sequences, IEEE 7^th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2007), Cambridge-Boston, Massachusetts (2007), 959 - 966.

6)        Le Ngoc Tu, Tran Dang Hung, Ho Tu Bao, Combinatorial effects of histone modifications and DNA sequences on nucleosome dynamics, Workshop on Knowledge, Language, and Learning in Bioinformatics (KLLBI 2008), in conjunction with Tenth Pacific Rim International Conference on Artificial Intelligence (PRICAI-08) (2008).

7)        Tran Dang Hung, Ho Tu Bao, Kenji Satou and Pham Tho Hoan,
A computational method for classifying and analyzing tumor samples using micro RNA expression profiles, 3^rd International Conference on Knowledge, Information and Creativity Support Systems (KICSS 2008).

8)        Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Nam H. Pham, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Clone - aware Configuration Management, Proceedings of the 24^th ACM/IEEE International Conference on Automated Software Engineering (2009).

9)        Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Jafar M. Al-Kofahi, Nam H. Pham and Tien N. Nguyen, Scalable and Incremental Clone Detection for evolving Software, Proceedings of the 25^th IEEE International Conference on Software Maintenance (2009).

10)    Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Nam H. Pham, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Graph - based mining of multiple object usage patterns, Proceedings of the 7^th Joint meeting of the European Software Engineering Conference and the ACM SIGSOFT Symposium on the Foundations of Software Engineering, (2009).

11)    Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Nam H. Pham, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Incremental Clone Detection Tool for EVol. ving Software, Proceedings of the 31^st ACM/IEEE International Conference on Software Engineering (2009).

12)    Nam H. Pham, Hoan Anh Nguyen, Tung Thanh Nguyen, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Complete and accurate clone detection in graph-based models, Proceedings of the 31^st ACM/IEEE International Conference on Software Engineering (2009).

13)    Hoan Anh Nguyen, Tung Thanh Nguyen, Nam H. Pham, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Accurate and efficient structural characteristic feature extraction for clone detection, proceedings of the 12th International Conference on Fundamental Approaches to Software Engineering (2009).

14)    Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Nam H. Pham, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Cleman: Comprehensive clone group evolution management, Proceedings of the 23^rd ACM/IEEE International Conference on Automated Software Engineering (2008).

15)    Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Nam H. Pham and Tien N. Nguyen, Operation - based, Fine - grained Version Control Model for Tree-based Representation, In Proceedings of the 13^th International Conference on Fundamental Approaches to Software Engineering (FASE) (2010).

16)    Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Nam H. Pham, Jafar M. Al-Kofahi and Tien N. Nguyen, Recurring Bug Fixes in Object - Oriented Programs, To appear in Proceedings of the 32^nd ACM/IEEE International Conference on Software Engineering (ICSE) (2010).

17)    Nam H. Pham, Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen, Xinying Wang, Anh Tuan Nguyen and Tien N. Nguyen, Detecting Recurring and Similar Software Vulnerabilities, Proceedings of the 32^nd ACM/IEEE International Conference on Software Engineering, New Ideas and Emerging Results (ICSE NIER) (2010).

18)    Jafar M. Al-Kofahi, Ahmed Tamrawi, Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen and Tien N. Nguyen, Fuzzy set approach for automatic tagging in evolving software, Proceedings of the 26^th IEEE International Conference on Software Maintenance (ICSM) (2010).

19)    Nam H. Pham, Tung Thanh Nguyen, Hoan Anh Nguyen and Tien N. Nguyen, Detection of Recurring Software Vulnerabilities, Proceedings of the 25^th ACM/IEEE International Conference on Automated Software Engineering (ASE) (2010).

20)    Hoan Anh Nguyen, Tung Thanh Nguyen, Gary Wilson, Anh Tuan Nguyen, Miryung Kim and Tien N. Nguyen, A Graph - based approach to API usage adaptation, Proceedings of the International Conference on Systems, Programming, Languages, and Applications: Software for Humanity (OOPSLA/SPLASH) (2010).

21)    Kim-Ngan T. Nguyen, Loïc. Cerf, Marc. Plantevit, Jean - François. Boulicaut, Discovering inter - dimensional Rules in Dynamic Graphs, Workshop on Dynamic Networks and Knowledge Discovery DyNaK'10 co-located with ECML PKDD (2010).

1)        Phạm Thọ Hoàn, Nhận dạng các phần tử điều khiển quá trình phiên mã genes bằng các phương pháp học máy, Đề tài cấp Nhà nước 2002.06.

2)      Phạm Thọ Hoàn, Các phương pháp tính toán phát hiện tri thức tiềm ẩn trong dữ liệu sinh học hệ thống, Đề tài nghiên cứu cơ bản thuộc Quỹ Nafosted, 102.03.21.09.

3)        Trần Đăng Hưng, Phạm Thọ Hoàn, Research and development of computational methods and applications in BioMedicine, Đề tài cấp Nhà nước, JAIST-VAIST-HNUE.

4)        Trần Đăng Hưng, Phạm Thọ Hoàn, Nghiên cứu các phương pháp phân tích và phát triển các công cụ tin sinh học nhằm giải quyết các bài toán quan trọng trong sinh học phân tử và ứng dụng, Đề tài cấp Nhà nước, Đề tài nghiên cứu độc lập.

5)        Hồ Cẩm Hà, Thiết kế kho dữ liệu (Data WareHouse) phục vụ công tác đào tạo ở trường ĐHSP, Đề tài cấp Bộ, B2006 - 17 - 42.

6)        Phạm Thọ Hoàn, Phát triển các phương pháp tính toán để phát hiện tri thức từ dữ liệu gen, Đề tài cấp Bộ, B2008 - 17 - 128.

7)        Phạm Thị Anh Lê, Phân tách ontology và các thuật toán lập luận trong Description Logics, Đề tài cấp Bộ, B2010 - 17 - 261.