Theo đúng kế hoạch đã định, ngày 19/7/2016, các thí sinh tham dự IBO 2016 đã bước vào phần thi thực hành. Ở phần thi này, các thí sinh đã lần lượt thực hiện 4 nội dung bài thi ở 4 phòng thực hành khác nhau, gồm: Giải phẫu và Sinh lý thực vật, Giải phẫu đa dạng và tiến hoá động vật, Hoá sinh và Vi sinh, và Sinh học phân tử. Tất cả các thí sinh đã đều hoàn thành phần thi của mình.